تعتبر المكتبة الباباوية المركزية فى وادى النطرون إحدى المؤسسات الثقافية الهامة التابعة للكنيسة الأرثوذكسية، وأكد الموقع الرسمى للكنيسة الأرثوذكسية على أهداف المكتبة الباباوية والتى تتمثل فى الآتى: 

. رفع الوعي المجتمعي بالحقبة القبطية كونها حقبة من تاريخ مصر والشـرق الأوسـط شكلــت جـــزءا أصيـــلا مـن الوجــدان الحضـــاري والتراث الفكري وما يتعلق بذلك من دراسات. 

. حفـظ الإنتاج المعرفــي عن القبطيات الصـادر من هيئـات أكاديميـة معينة بالبحث والتوثيق سواء كان مقروءا (دراسات، موسوعات، كتـب، دوريات، صحف، مجلات) أو مسموعا أو بصريا بمختلف اللغات. 

. تكثيــف البحـث العلمـي في القبطيـات وما يتبــع ذلك مـن نشـــاط في حركة النشر والترجمة في هذا المجال مع سائر المؤسســات المعنيــةً. 

. جمع التراث القبطي بكل نوعياتـه وترميمــه وتوثيقــه وتصنيفــه لتسهيل عرضه واتاحته لجمهور الباحثين والدارسـين في مكان واحـــد بالتنسيق مع الأديـرة القبطيــة والقطاعــات الجغرافيــة بالكنيســة والافراد من أصحاب المقتنيات الخاصة. 

. تنشيط ودعم حلقة تبادل المعرفة ومجتمـع الباحثين محليــا وعالميــا وبالتالي تحقيــق نموذج لمؤسســة مصريــة ثقافيــة ناجحــة ورائــدة قادرة على التفاعل مع مجتمع المعلومات الحديث.