قام فضيلة الشيخ/ جعفر عبد الله علي، رئيس قطاع المعاهد الأزهرية، والوفد المرافق لفضيلته، في منطقة سوهاج  بكشف عدَّة مخالفات جسيمة في بعض معاهد منطقة سوهاج الأزهرية في يومه الأول من الزيارة، وتتمثل في الآتي:

- وجود الكتب الخارجية في يد المدرس والطالب، وهو ما لفت نظر فضيلته أثناء الزيارة، فشدَّد على أنَّ الامتحانات تأتي من كتاب الوزارة وليس من الكتاب الخارجي؛ لأنَّ كثيرًا من الكتب الخارجية مليئة بالأخطاء وكثير من جزئياتها خارج المنهج.

- ملف الاستعاضة: وهم كل مَن تم التعاقد معهم عن طريق مكافأة شاملة، ويقترب عددهم من الخمسمائة في مختلف التخصصات، والتي يشوبها الفساد والمخالفات القانونية، فقام فضيلته بمتابعة هذه المخالفات للوصول إلى المتسببين فيها ومجازاتهم حسب اللوائح والقوانين.

- ملف عدد الوكلاء: وقف الشيخ جعفر بنفسه على وَهْمِ مقولة أنَّ هناك عجزًا في المدرسين في مختلف التخصصات، فكيف يكون هناك عجز وفي بعض المعاهد 78 وكيلة، كمعهد فتيات سوهاج فبعضهن بلا جدول وبعضهن تعمل بجدول مخفف، وهذا لا ينطبق على معهد سوهاج فقط، وإنما ينطبق على خمسة معاهد في منطقة سوهاج أيضًا، مما يتطلب حسن التوزيع للعمالة القائمة، والشيء اللافت للنظر أنَّ السادة الموجهين بالمنطقة لا يتواجدون بصفة دائمة في المعاهد، ومعروفٌ أن قطاع المعاهد الأزهرية طالَب بوجود الموجِّه في المعهد طوال اليوم الدراسي، إلا أنَّ الموجهين لا يأبهون لذلك، وقد أحال فضيلة الشيخ جعفر كل مَن تقاعس عن أداء عمله إلى التحقيق.