يقع المتحف القبطي داخل حدود حصن بابليون الروماني الذي يعتبر من أشهر وأضخم الآثار الباقية للإمبراطورية الرومانية في مصر، بالقرب من مجموعة كنائس مصر القديمة (كنيسة أبى سرجة، وكنيسة السيدة العذراء الشهيرة “بالمعلقة”، بالإضافة إلى المعبد اليهودي).

وتم إنشاء المتحف القبطى خلال عام 1910م، وكان الغرض من إنشائه هو جمع الآثار والوثائق التي تسهم في إثراء دراسة الفن القبطي فى مصر، وتبلغ مساحة المتحف الكلية شاملة الحديقة والحصن حوالي 8000 م وهي أرض وقف تابعة للكنيسة القبطية الأرثوكسية قدمها البابا كيرلس الخامس الـ 112، وقد تم تطويره بجناحيه القديم والجديد والكنيسة المعلقة عام 1984 م.

ويعد هذا المتحف أكبر متحف فى العالم للآثار القبطية، ويتكون المتحف من جناحين يربط بينهما ممر؛ الجناح القديم الذي شيده مرقص سميكة باشا في عام 1910 م، والجناح الجديد الذى افتتح في عام 1947م. ويضم مجموعة من أروع نماذج الفنون القبطية التي تم توزيعها على أقسام المتحف المختلفة، وهى:

قسم الأحجار والرسوم الجصية

قسم تطور الكتابة القبطية والمخطوطات

قسم الأقمشة والمنسوجات

قسم العاج والأيقونات

قسم الأخشاب

قسم المعادن

قسم الفخار والزجاج

ويبلغ عدد المقتنيات بالمتحف القبطى حوالى 16 ألف  مقتنى ورتبت مقتنيات المتحف تبعا لنوعياتها إلى اقسام عرضت عرضا علميا فيه الترتيب الزمني قدر الإمكان.

يضم الجناح القديم للمتحف مجموعة من قطع الاثاث الخشبية والأبواب المطعمة. كما يضم الباب المصنوع من خشب الجميز الخاص بحامل أيقونات كنيسة القديسة بربارة والألواح يمكن تمييزها حيث قاموا بتركيبها في العصر الفاطمي أثناء القرن الحادي عشر والثانى عشر.

ويحتوى الجناح الجديد على مجموعة تُظهر مختلف الأنواع والطرز والموضوعات، مثل التصميمات الهندسية، لفائف نبات الاكانتس وأوراق العنب، وافريزات مزدانة بأرانب، طواويس، طيور، والانشطة الريفية، مرورا بالتراث الهيللينستى والقبطي حتى الصيغ الفنية الإسلامية في مصر. ومخطوطات للكتاب المقدس تعود لآلاف السنين وهو عبارة عن تحفة معمارى.

وظل المتحف القبطى تابعاً للبطريركية القبطية حتى عام 1931 ثم أصبح تابعاً لوزارة الثقافة المصرية.

 ويتراوح متوسط عدد الزائرين يوميا من 200 إلى 250 فرد من جنسيات مختلفة.